Boruto instaura un nuevo día festivo en Konoha dedicado a que padres e hijos pasen más tiempo juntos, lo que hará que él llegue a casa y encuentre a una Himawari que quiere un juguete muy especial que solo se venderá ese día. ¿Podrá conseguirlo el Hokage o será... un padre en apuros?

Todos los alumnos de Konoha regresan en tren a su aldea. Durante el trayecto, Boruto y Sarada hablan sobre el funeral de Ounoki, al que no le dejaron ir. Mientras, Mitsuki viaja en otro vagón con Konohamaru y Sai. Inojin mira con nostalgia el dibujo que le hizo a Akkun y recuerda cuando lo enterró. En el funeral, los cinco Kages deciden unir aún más las relaciones entre las aldeas mientras lloran la pérdida de Ounoki. Ya en Konoha, Mitsuki es interrogado y admite que se fue con los Creados no solo para investigarles sino también por curiosidad. En el despacho de Naruto, se le retira la licencia de Genin a Boruto y Sarada por haber abandonado la aldea sin permiso. Ellos ahora temen que no vuelvan a ver a Mitsuki nunca más. Boruto regresa a casa y se reecuentra con su hermana Himawari y con su madre, Hinata. Más tarde, Galaga se pone en contacto con él y le recuerda que su pacto de invocación se terminaba después de rescatar a Mitsuki, por lo que la gran serpiente le da las gracias y se va. El Uzumaki se queda dormido y empieza a soñar con todo lo sucedido, pero de repente Sarada lo despierta y le avisa de que Mitsuki ya salió del interrogatorio. Los dos shinobi deciden ir a buscarlo, siendo Boruto el primero que lo encuentra. Mitsuki, que había hecho una tumba para Sekiei y el resto de los Creados, se disculpa con él y le pide que todo vuelva a ser como antes. Boruto le dice que no, ya que esta vez tendrán una voluntad aún más fuerte. Sarada llega y el Equipo 7 choca sus puños en señal de amistad. Mientras, Naruto recibe la visita de la Tsuchikage Kurotsuchi y de Akatsuchi. Después de agradecerle el trabajo de los ninja de Konoha en la Aldea de las Rocas, la Tsuchikage le deja caer a Naruto que debería premiar a Boruto y compañía por sus acciones. Como consecuencia, Boruto, Sarada y Mitsuki reciben de nuevo su banda de Genin y se preparan para una misión junto con Konohamaru.

Kuu aparece una vez más para derrotar y matar a Boruto, Sarada y Mitsuki. Mientras tanto, Onoki se prepara para una lucha a muerte para evitar que Kuu haga más daño en la aldea, y finalmente se une a Boruto. Naruto también lleva a un grupo de ninjas a la Aldea Oculta entre las Rocas para ayudar a los jóvenes genin. Antes de que Kuu termine con Mitsuki, Onoki se enfrenta a él. Ohnoki logra matar a Kuu en el combate desintegrandolo y hace las paces consigo mismo antes de morir. Aunque Mitsuki cree que ya no es bienvenido, los Equipos 5 y 15 vienen a ayudar.

Herido del ataque de Mitsuki, Kuu huye de la escena. Boruto y Sarada intentan perseguirlo, pero Kirara bloquea su camino. Uniendo fuerzas con Galaga, Boruto y Sarada logran derrotar y matar a Kirara. Sorprendido, confundido y enfadado por las acciones de Mitsuki, Sekiei lo ataca imprudentemente. No queriendo pelear, Mitsuki intenta detenerlo. Mitsuki lo derrota sin querer, afirmando que siempre pensó que Sekiei era un amigo para él. Antes de que Sekiei muera, Mitsuki hace las paces con él. Mitsuki luego se reúne con Boruto y Sarada y se enfrenta a Kuu, quien se ha recuperado gracias a un corazón que robó.

El Equipo Ino-Shika-Cho se recupera de su combate contra Kokuyou mientras Kirara controla a Boruto y Sarada. Rápidamente, la Creada obliga a los shinobis a tomar dos espadas del suelo para medirse en un duelo a muerte, controlados como títeres. Es entonces cuando comienza una serie de golpes y ataques que Sarada intenta frenar usando su Sharingan con Boruto para liberarlo del genjutsu. No obstante, Kirara se da cuenta de esto y cierra los ojos del Uzumaki. Mientras, en la base, el científico de la banda ya ha fabricado el corazón del señor Kuu y Mitsuki se dispone a llevárselo. La noticia llega hasta Sekiei y Kirara, así que estos se dirigen hacia allí. Boruto y Sarada todavía siguen siendo controlados y parece que el Uzumaki va a atacar a la Uchiha, pero ésta aprovecha el reflejo de la espada para liberarse del genjustu con su Sharingan y luego libera a Boruto. Los dos se dirigen hasta la base de los Creados para detenerlos. Cuando llegan, intentan convencer a Mitsuki para que se detenga, pero él y el señor Kuu atacan y atrapan a los dos ninjas. Mitsuki le entrega el corazón a Kuu y, cuando parecía que ya había ganado, el Creado es atacado por la espalda con una técnica de Raiton y se descubre que el corazón era un señuelo de serpientes hecho por Mitsuki. Éste dice que por fin ha cumplido su voluntad y mira hacia el horizonte, donde se empieza a ver un extraño humo negro. Todo había sido un plan entre Konohamaru y Mitsuki y ahora los habitantes de la Aldea Oculta de las Rocas, guiados por una liberada Kurotsuchi, se disponen a destruir toda la fábrica de Desechos y demás experimentos. Sin embargo Kuu, que no está vencido todavía, se prepara para pelear junto con Sekiei y Kirara antes de que Mitsuki se pueda reunir con sus amigos. Lejos de allí, un malherido Akatsuchi se encuentra con Sekki, el shinobi que entrenó con Boruto recientemente, y le ordena ayudar a detener el plan de los Creados. Mientras, Onoki se despierta después de recuperar la conciencia y se dirige hacia el campo de batalla, admitiendo su error y queriendo detener todo su plan.

Boruto se dispone a pelear contra Kakou. El Creado comienza usando técnicas de Tierra para atraparlo, por lo que el Uzumaki responde usando Clones de Sombra. Sin embargo, más adelante se descubre que Kakou puede usar el Elemento Polvo, por lo que se convierte en un rival mucho más peligroso. Lejos del campo de batalla, en la cueva, Sarada, Chouchou, Inojin y Akkun deciden salir en busca de Boruto y Shikadai. Por el camino se encuentran a un muy malherido Akatsuchi, por lo que Inojin y Akkun regresan con él a la base. Mientras, en la Aldea Oculta de la Tierra, Shikadai se infiltra en la oficina de la Tsuchikage y llama a su padre Shikamaru para informarle de la situación; el señor Kuu lo descubre y va tras él. De vuelta en el campo de batalla, Sarada y Chouchou llegan para apoyar a Boruto, lo que se resume en una serie de golpes y estrategias, siempre esquivando el Jinton de Kakou. Descubren que el Creado solo puede usar su técnica cada 20 segundos, así que aprovechan ese lapsus de tiempo para intentar vencerle. No obstante, Kakou fuerza su límite y empieza a lanzar Elemento Polvo uno tras otro mientras se va agrietando. Cuando parecía que Boruto sucumbiría ante sus ataques, Kakou cae al suelo, aparentemente muerto. Aun cuando parecía que los de Konoha habían ganado, aparece Inojin bajo el efecto de un genjutsu y toma de rehén a Boruto. Kirara, la Creada detrás de esta trampa, hace acto de presencia y captura a todos.

Onoki guía a Boruto hasta un montículo de piedras y le explica que es ahí donde falleció su nieto Kozuchi. A continuación, el anciano le narra cómo conversaba con él, sus sueños y cómo lo vio morir. Como Kozuchi falleció muy joven, el Tsuchikage empezó a planear una manera de crear soldados artificiales que sustituyeran a todos aquellos shinobi jóvenes que se sacrificaban en batalla con el objetivo de encontrar la paz. Para ello, unió fuerzas con un científico que le mostró un fragmento de Zetsu Blanco dentro de un maletín. Fue así como empezó a crear al Señor Kuu y a su banda y luego a todos los Desechos. Boruto se sorprende de que Onoki haya usado un Zetsu Blanco para sus experimentos y empiezan a discutir sobre la verdadera voluntad de estas "creaciones". Mientras, el Señor Kuu y el resto de su equipo se hacen con el control de la Aldea Oculta de la Roca y encierran a Kontsuchi junto con el resto de consejeros de Kurotsuchi; también captura a cinco shinobis que pretende usar como sacrificios para prolongar su vida. Shikadai, que ha escapado, se dispone a avisar a su padre Shikamaru y pedirle ayuda. Antes de continuar con su plan, Kuu envía a Kirara y a Kakou a buscar a Onoki para que éste pueda darles el visto bueno. Finalmente Kakou encuentra al anciano y se dispone a empezar una pelea con Boruto.

Boruto sigue atrapado en Sanzugahara, lugar de entrenamiento en Iwagakure. A lo lejos encuentra a Sekki, uno de los miembros del equipo Genbu de los exámenes Chuunin, el cual también lleva atrapado varios días allí. Juntos, el Uzumaki, el ninja de la Roca y Onoki siguen buscando la conocida como "piedra del corazón". En los subsuelos de la aldea, Sekiei y Mitsuki observan a Kakou y a Kirara, los cuales se están recuperando de su desgaste en una cápsula llena de líquido extraño. Al mismo tiempo, el científico que trabaja para ellos le comenta a Kuu que solamente podrá convertirles en inmortales si experimentan con cinco corazones humanos, ya que el de Mitsuki tiene un sello maldito y es difícil de analizar. Entonces el científico trae a su laboratorio a Shikadai, el cual aspira un poco de gas somnífero pero se consigue librar usando su técnica de sombra y huye después de herir al doctor. Lejos de allí, Akatsuchi combate contra los Desechos y tiene la intención de notificar la situación a Konoha pero, cuando todo parece perdido, Konohamaru llega y le salva. De nuevo en Sanzugahara, Boruto y Sekki se enfrentan a un lobo gigante y, usando un técnica que no requiere de chakra, el shinobi de la Roca consigue encontrar una piedra brillante que les lleva a la salida. El Uzumaki sigue a Onoki hacia un lugar desconocido; mientras, el genjutsu en el que estaba inmerso Kontsuchi desaparece, lo que obliga a Kuu a movilizar sus tropas de Desechos y hacerse con el control de la Aldea Oculta de la Roca.

Onoki explica a Boruto y compañía el motivo por el que ha empezado con sus planes de creación de criaturas, justificando el ataque de los Ootsutsuki como razón suficiente para salvar a los más jóvenes de su aldea. Akatsuchi comienza una pelea con Kuu, lo que provoca que una columna se precipite sobre Onoki. El grupo aprovecha el caos y consigue escapar, Boruto logra salvar al viejo Tsuchikage, pero Shikadai es atrapado por uno de los Desechos. Muy lejos de allí, Konohamaru se ha encontrado con algunos de los Jonin vencidos anteriormente. En el subsuelo de la Aldea de las Rocas, Sekiei le muestra las instalaciones a Mitsuki, bajo la mirada desconfiada de Kokuyou. Por su parte Kirara, la única chica de los shinobi de la Tierra, controla con un genjutsu a Kontsuchi para engañar a Naruto. En los calabozos, Shikadai es encerrado al lado de la celda de Kurotsuchi, la Tsuchikage, y esta le explica que su abuelo Onoki creó unos prototipos de combate hace cinco años después de que la aldea fuera atacada por ninjas renegados, pero que ella canceló el proyecto debido a la naturaleza inestable de estos. Mientras, un científico del grupo de Kokoyou le hace un análisis al cuerpo de Mitsuki y descubre que éste tiene un sello maldito implantado en su interior.