Shira recuerda su pasado, el cual tuvo que entrenar siempre solo ya que no poseía ninguna habilidad en ninjutsu ni genjutsu, es así como Shira entreno al lado de una roca durante bastante tiempo hasta que finalmente la destruyó, Gaara quien noto la ausencia de la roca le pide explicación a Shira de lo ocurrido, Shira le explica su situación, y Gaara decide entrenar con el y además abole la ley de aquellos que no pueden usar jutsus si pueden ser ninjas. Tras escuchar la historia de Shira Lee decide buscar a los ninjas de la arena que traicionaron a Shira y hacer que le pidan disculpas tras derrotarlos, Lee le pide a Shira pelear contra el usando solo taijutsu.
La segunda prueba del examen Chunnin comienza, los equipos tienen tres días para obtener el pergamino que les hace falta, el equipo de Shira observa desde lejos al equipo de Neji y los ponen en un Genjutsu, Lee tras descubrir que están corriendo en círculos rápidamente se percatan y se liberan, poco después el equipo de Lee alcanza a Shira y sus compañeros, pero tras no conocer el terreno Neji y su equipo caen en arenas movedizas y son arrastrados hacia una cascada de arena, pero Lee usa la segunda puerta para liberarse de la arena para quedar atrapados en el fondo del valle, Shira y su equipo se reúnen con los demás shinobis de la arena quienes traicionan a Shira ya que no lo soportan como alguien que está siendo el líder en muchas cosas, Shira es herido al igual que sus compañeros pero en el último momento, tras estar a mano ambos equipos Lee descubre que Shira es como el ya que solo puede usar Taijutsu.
Los treinta equipos llegan justo a tiempo a la Aldea de la Arena, esa noche se prepara una cena especial antes de comenzar la segunda prueba, todo termina en un caos cuando un shinobi obeso y sudoroso de la Aldea de la hierba intenta acercarse a la comida y Neji y los demás de Konoha intervienen a causa de eso accidentalmente la comida cae al suelo, los de la arena se alteran e inician un combate donde todos terminan involucrados, Lee intenta detener el caos realizando una ráfaga de patadas pero es detenido por un shinobi de la arena llamado Shira quedando impresionado. En ese momento aparece Fū quien alega que quiere hacer amigos, pero los demás equipos se retiran, poco después Chōji sale del recinto y es atacado por un escorpión gigante donde Sakura e Ino salen en su ayuda pero además Fū interviene matando al escorpión, Neji y los sensores se sorprenden del poder de Fū, ya amaneciendo Temari explica en que consiste el segundo examen, una prueba de supervivencia en el desierto infernal.
El primer examen escrito continua, Neji sigue analizando la situación donde llega a la conclusión de golpear la pared cuatro veces, indicando que el hará la pregunta de 40 puntos, pero un shinobi de la arena tras no entender la situación decide golpear cinco veces confundiendo a los demás, pero Neji alega que no importa las veces que se golpee la pared aun siendo cinco veces se puede aprobar el examen, tras pasar la media hora del examen Shikaramu se comunica con los participantes y explica la segunda ronda, la cual consiste en elegir quien debe ser la carnada para escapar de los enemigos. Tsunade mientras recibe una advertencia de Danzō, en la cual pide vigilar atentamente a los shinobis de la aldea de la nube. Tras finalizar la primera prueba Shikamaru reúne a todos y explica que aquellos que no escogieron a ningún compañero como carnada pasaron el examen, ahora Temari explica la siguiente fase del examen, los equipos deberán ir hasta la aldea de la arena lo cual les tomara tres días, pero solo treinta equipos serán aceptados, así todos los equipos parten, mientras que al tiempo Gaara prepara todo para la segunda prueba.
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Los candidatos al examen chunnin llegan a Konoha, donde seguidamente todos se registran para participar. Shikamaru es el sensor de la primera prueba que es escrita, donde a diferencia de los exámenes anteriores divide a los integrantes de cada equipo en salas distintas, una vez todo listo Shikamaru explica en que consiste el examen, cada miembro deberá responder una pregunta de un total de tres, donde al final el resultado tendrá ser de cien puntos exactos por equipo, tras saber esto los participantes descubren que cada aula esta completamente sellada, impidiéndoles comunicarse, por lo que todos empiezan a analizar la situación y buscar maneras de lograr comunicarse entre sus compañeros para solucionar el examen.
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Kakashi logra entregarle en persona a Hanzō la invitación a los exámenes Chunnin, poco después Konan le informa a Pain del examen donde este pretende obtener información de los Jinchūriki con los gennin que enviaran al examen. En la Aldea Oculta de la Cascada Fū la Jinchūriki del Chōmei pretende participar en el examen donde el líder de esa aldea al final accede. En Konoha el equipo de asuma presenta un problema ya que Shikamaru ya es Chunnin y hace falta un integrante para participar, por lo que Ino intenta convencer a Sakura para completar el equipo, pero esta se niega ya que podría ser una molestia, poco más tarde Sakura atiende a un ninja el cual está mal herido donde con mucho esfuerzo logra salvarlo, Sakura finalmente accede participar en el examen, mientras que los participantes de las demás aldeas empiezan a llegar a Konoha.
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Tsunade pretende organizar nuevamente los exámenes Chunnin en Konoha después de dos años, pero Gaara propone realizarlos en la Aldea de la Arena y además, hacerse conocer como el nuevo Kazekage. Pero, la verdadera intención de los exámenes es saber como responderá Akatsuki, ya que Gaara es un Jinchūriki. Los dos kages, Tsunade y Gaara, llegan a un acuerdo para que una prueba del examen se haga en cada aldea. Tras tener todo preparado, Tsunade hace una invitación a las cinco grandes naciones para saber como responderán, pero las aldeas de la Nube, la Roca y la niebla no aceptan la invitación. Ahora, Kakashi deberá llevar la invitación del examen a la Aldea de la Lluvia donde, además deberá obtener información sobre dicha aldea.
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El Gedō Mazō arrastra a los nueve bijūs hacia su interior, mientras eso sucede Kurama le pide un favor a Gaara donde le encomienda a Naruto, finalmente la estatua se traga uno a uno a los bijūs, Naruto quien cae inconsciente es rescatado por Gaara y lo lleva rápidamente hacia donde se encuentra Tsunade y Sakura, la estatua que abre sus nueve ojos queda inmóvil. El segundo Hokage ahora se enfrenta a Madara pero el Uchiha logra clavarle varias estacas que lo inmovilizan, en otra parte Hashirama que se encuentra débil habla con Sasuke y le propone darle un jutsu que detendrá a Madara, Sasuke acepta recibir el chakra de Hashirama. Madara quien acaba con Tobirama alega que el Tsukuyomi infinito es la solución a lo que Hashirama creo desde hace tiempo, en un acto de desesperación Tobirama ataca una última vez a Madara pero este se cubre con Susanō, en ese momento Sasuke ataca a Madara pero en el último momento queda inmóvil, Madara toma la espada de Suke y tras pronunciar las palabras de Hashirama apuñala a Sasuke mientras que Tobirama observa. En otra parte el Mokuton: Shin Sujenju a menor escala es ejecutado por el Zetsu remolino que ataca a la alianza con los cinco elementos a la vez pero el tercer hokage logra contrarrestar el ataque, en ese momento Gaara llega y se lleva a Sakura para que mantenga con vida a Naruto mientras se dirigen hacia donde esta el cuarto Hokage, en el camino Sakura hace todo lo que puede por mantener a Naruto con Vida, Sasuke quien también está muy mal herido recuerda las palabras de Itachi sobre la aldea, tras intentar ponerse en pie Sasuke finalmente cae inconsciente, Sakura y Karin alegan que si no hacen algo Naruto y Sasuke morirán.
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Madara Uchiha ahora se dispone a capturar a los bijūs, sin más el Uchiha resucitado se lanza contra las bestias pero el Shukaku realiza el Fūton: Sasandan donde con la ayuda de Gaara logran inmovilizarlo gracias a la arena que entraron en las heridas de Madara, es entonces donde los demás Bijūs le propinan un golpe, para finalmente intentar sellarlo con el Sabakusū Taisou Fūin , tras parecer que finalmente logran sellar a Madara, este logra escapar gracias a Susanō, pero es interceptado por Naruto y Kurama que logran golpearlo para luego ser atacado por las colas de los nueve Bijūs, sin embargo aún después de ese ataque solo logran quitarle el brazo derecho, Madara entonces toma su distancia y es alcanzado por Zetsu blanco el cual le trae su Rinnegan derecho y además se implanta el brazo de Zetsu, es entonces donde Madara se alegra de tener un cuerpo real y tras ponerse serio en la batalla invoca al Gedō Mazō que sale del cuerpo de Obito, al ver eso Kakashi usa su kamui y logra quitarle el brazo derecho a la estatua que ya esta con Madara, los Bijūs se preguntan como es que puede invocar en ese estado donde Naruto es el que comprende la situación, sin más Madara usa la técnica especial del Rinnegan: Rimbo Hengoku, donde una fuerza misteriosa golpea a las bestias, inmediatamente de la estatua salen las cadenas que los atan, Shukaku que es el primero en ser absorbido pone resistencia donde recibe ayuda de Gaara pero Madara con Susano logra arrastrarlo hacia la estatua.
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Obito quien se encuentra sin fuerzas, finalmente entiende la razón por la que Nagato lo traicionó, tras meditar en las palabras de Naruto y en como el nunca retrocede en sus palabras y recordar su pasado, Obito decide realizar el Gedō Rinne Tensei y revivir a los shinobis muertos durante la guerra, mientras que Madara finalmente es inmovilizado por Hashirama, resta sellarlo por lo que Sai se apresura y terminar con Madara, pero este le da las gracias a Naruto por haberle quitado los Bijūs a Obito. Cuando Obito intenta realizar la técnica, Zetsu negro aparece y toma control de su cuerpo y es Madara el que logra hacer el cambio, inmediatamente las marcas del Edo Tensei desaparecen en el y el Rinnegan se desvanece, mostrando que ahora posee un cuerpo real, en ese momento Sasuke lanza el Amaterasu en Madara sin hacerle ningún daño, y tras quitarse la armadura Madara inmoviliza a Hashirama y le roba el Senjutsu, el cual aparece en el pecho de Madara, aun sin poder ver, Madara logra atacar a Naruto y Sai en incluso esquivar los ataques de Sasuke, ahora Madara quien tiene sus poderes del pasado se prepara para capturar a los Bijūs.
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Segunda parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar en los exámenes Chūnin, la derrota de Hinata ante Neji así como la forma en que el camino ninja de Naruto alcanza los pensamientos de Neji e Hinata a tal punto que el primero cambia radicalmente su punto de vista para con la primera rama del clan y la segunda juega un papel muy importante en la defensa de Konoha ante la invasión de Pain al proteger a Naruto a pesar de saberse inferior que su rival, lo que llena de orgullo al padre de Hinata y comprende el error que cometió todos esos años. El episodio finaliza con escenas del momento en que el clan Hyüga se prepara para incorporarse a la Gran Alianza Shinobi, marchando Hinata al frente de la batalla y encargándole a Hanabi el cuidado de los integrantes del clan que no participarán.
Primera parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar durante su niñez, la admiración de Hanabi por Hinata, el odio de las otras extensiones del clan para con la rama principal y la manera en que esta mantiene su control por medio del sello del pájaro enjaulado hasta el enfrentamiento entre Hinata y Hanabi, luego del cual su padre decide abandonar a Hinata y ofrecerla a la aldea para que ingrese a la academia ninja y se incorpore como Genin al grupo ocho bajo la dirección de Kurenai, al mismo tiempo que decide preparar a Hanabi para que en un futuro se haga cargo del clan como representante de la rama principal.
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Naruto lanza su Ōdama Rasen Shuriken hacia el lugar donde se encuentra Madara capturado gracias al dragón de madera de Hashirama. Los shinobis se apresuran para poder sellarlo. Gaara le pide ayuda a Shukaku para realizar una versión gigante del Sabaku Sōtaisō, quien en un primer momento se niega, accediendo posteriormente pero alegando que lo hace en concepto de decisión personal. Los demás Bijūs también ayudarán a Naruto. Mientras, Son le pregunta a Gaara si él conoce a Naruto (En ese momento, Gaara recuerda detalles muy importantes de su pasado: como era menospreciado por los ninas de la arena, cuando conoció a Naruto en los exámenes chunnin, así como su posterior derrota ante el ninja de la hoja, su muerte a manos de Akatsuki y su vuelta a la vida con la ayuda del jutsu de Chiyo y el chakra de Naruto) Después de todo eso, él le responde que fue su primer amigo. Luego, todos parten en compañía de Gaara.
Naruto le ofrece a Obito no seguir ocultándose, pero Obito, en un último acto, alega que no se arrepiente de nada. En ese momento, Naruto lo golpea y al darse cuenta Obito se observa a sí mismo de joven, pero además, observa a Rin, Kakashi y Minato, los cuales son transformaciones de sí mismo. Obito, quien observa que Naruto le toma la mano, se da cuenta de la presencia de la alianza. Volviendo a la batalla, toda la alianza tira con todas sus fuerzas para, finalmente, lograr liberar a los Bijūs. En ese momento, Obito regresa a la normalidad y tras caer débil, acepta que ha perdido. Los Bijūs le agradecen a Naruto el haberlos salvado. Sasuke se dispone a darle el golpe final a Obito, pero Kakashi logra volver y alega que él se encargará de Obito. Minato llega y logra detenerlo, aceptando parte de la culpa por no haber protegido a Rin. Minato le pide a Naruto ir a ayudar a Hashirama a sellar a Madara donde no solo él, sino también toda la alianza lo acompaña. Obito alega que, desde que murió Rin, ya nada tuvo significado para él. Kakashi alega que él sintió lo mismo pero, a diferencia de el Uchiha, Kakashi logró llenar el vacío gracias a sus otros amigos. Además, le dice que Naruto nunca rompe sus promesas y siempre recuerda sus sueños. Naruto, que llega a la copa del Shinju, prepara un Odama Rasen Shuriken que se puede ver desde muy lejos.
Naruto le dice a Obito que ya no debe tratar de huir de su pasado, ya que finalmente no logró deshacerse de sus recuerdos. Naruto además comenta que él es como Obito, ya que tuvieron muchas cosas en común: No tuvieron padres, tenían el mismo sueño de ser Hokage y tuvieron que esforzarse al máximo para salir adelante. En ese momento, Obito empieza a recordar sus días en la academia y de como siempre quiso superar a Kakashi en todo sentido y en donde, con el apoyo de Rin, logró convertirse en un Gennin. Poco después, Minato se hace cargo del grupo, teniendo él que lidiar con Kakashi, que sigue el código ninja, y Obito, que siempre llega tarde para las misiones. Finalmente, Naruto espera la verdadera respuesta de Obito.
?Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear contra Obito, para lo cual el Kyubi es envuelto en el Susanō resultando en una apariencia similar a la que obtuvo Madara contra la batalla con Hashirama, Obito al ver esto moldea y crea la Nunoboko espada con la cual Rikudō Sennin construyó el mundo. Mientras que Obito alega que el mundo pronto caerá en el Tsukuyomi infinito, Naruto le habla a sus demás compañeros, pues de las colas de Kurama, Naruto crea nueve Rasengan por cada compañero, con el objetivo de lograr destruir el escudo de Obito. Seguidamente, Naruto y Sasuke logran herirlo, el plan resulta y, justo cuando la espada de Susanō parece alcanzar a Obito, este observa en Naruto cómo pudo haber sido su vida si hubiera vuelto a Konoha, donde junto con Kakashi y sus demás compañeros llagaban a ser los mejores, y finalmente se convertía en Hokage. Nuevamente, en la batalla, Obito se pregunta por qué observa eso mientras la Nunoboko es destruida de a poco para finalmente ser cortado en el costado derecho. Inmediatamente, los bijūs intentan escapar. Gracias al chakra de los bijūs que recibió anteriormente, ahora Naruto debe halar el chakra para sacarlo de Obito, recibiendo ayuda de Gaara y Killer Bee. Mientras tanto, Shikamaru se comunica con la alianza para ayudar a Naruto. Es así como todos los shinobis comienzan a tirar del chakra. Ante esto, Obito logra ver a Naruto y toda la alianza en su interior y Naruto alega que Obito tenía el mismo sueño que él y que logrará quitarle esa máscara que lo oculta.
La alianza se arma de valor después de los recuerdos de Hashirama y Naruto, así todos se preparan para cortar al Shinju, por otra parte Naruto y Sasuke pelean contra Obito, pero este los esquiva fácilmente, Shikamaru quien es atendido por Sakura recibe nuevamente el chakra de Kurama y tras recordar el pasado de Naruto logra ponerse de pie. Los cinco kages que se dispersan por toda la zona dan la orden de atacar y cortar el árbol, es así como toda la alianza se vuelve una, El tercer hokage que observa a Orochimaru le pregunta si también va a colaborar, el sannin alega que lo hará ya que no permitirá que Obito Se salga con la suya, la alianza logra cortar algunas ramas del Shinju, Naruto y Sasuke empiezan a entender los movimientos de Obito y tras coordinar sus ataques parecen lograr darle, pero en el último momento Obito se protege y logra agarrar a Naruto y Sasuke donde los impacta contra el suelo, Obito nuevamente le pregunta a Naruto porque sigue luchando ya que la gente de la aldea lo miraba con desprecio, sin embargo Naruto al ponerse de pie responde que ese es su camino ninja, Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear.
Los cinco kages que se han recuperado se dirigen a la batalla observando el Shinju, mientras que los pocos shinobis que aún quedan con vida se preguntan si deben seguir luchando o más bien finalmente ceder a las palabras de Obito, Shikamaru quien le fue arrebatado todo su chakra se encuentra grave, rápidamente sus compañeros llegan a auxiliarlo. Naruto quien llora tras escuchar de Obito de caer en el Tsukuyomi infinito no sabe que hacer, es entonces donde Hashirama les aclara que deben vencer al enemigo, en ese momento Orochimaru llega y se entera de la situación. Obito que hace crecer una rama para atrapar a los shinobis es interceptado por Sasuke quien decide atacar con su Susanō, Naruto quien se le une en modo Bijū gracias al chakra de Minato. Hashirama se pregunta cuando la flor del Shinjū se abrirá a lo que Madara calcula que será dentro de quince minutos ya que no está todo el chakra del kyūbi y el hachibi, el primer hokage logra transmitir esa información a la alianza gracias a Ino, sucedido eso los recueros de Hashirama de cuando logró reunir a los primeros kages de cada aldea son revelados y de como trato de lograr un pacto entre todos los países.
Naruto y Minato expulsan el chakra de Kurama y entran en modo Bijū, el segundo hokage le recuerda a Naruto que solo el Senjutsu podrá herir a Obito, Kurama quien decide cooperar ayuda a Naruto a entrar en modo sabio, una vez que lo logra, Naruto y Minato se transforman en Kurama y crean un Rasengan gigante al que Naruto le añade el poder del Senjutsu, y con la Hiraishin del segundo hokage logran acercarse a Obito, pero el Uchiha quien se percata usa las esferas para contener el ataque combinado de Naruto y Minato, tras repeler el ataque. Obito decide continuar con el Tsukuyomi infinito, para ello libera al Jūbi y libera la barrera que antes había creado, rápidamente el Jūbi entra en su última transformación, donde se empieza a transformar en un árbol gigantesco el cual sacude todo el terreno, Hashirama al ver lo que pasa se sorprende, es entonces donde Madara le explica lo que está sucediendo, mucho antes de que nacieran los shinobis existía el Shinju que era venerado como un Dios, cada mil años el árbol producía un fruto el cual fue comido por una princesa llamada Kaguya Ōsutsuki, quien se convirtió en la primera persona con chakra, y el hijo de ella fue la primera persona en nacer con chakra quien más trade seria llamado Rikudō Sennin, Madara comenta que el Shinju solo está recuperando su chakra. Los shinobis de la alianza pronto son alcanzados por las ramas del Shinju y mueren al instante, Naruto tras ser alcanzado queda sin energía pero es salvado por Hiruzen. En la copa del Shinju se aprecia una flor la cual cuando se abra se reflejara en la luna completando el Tsukuyomi infinito.
Obito quien recibe el ataque Senjutsu de Naruto queda aturdido, una vez que se recupera decide crear una barrera parecida a la formada por los hokages, la intención es aniquilar a la alianza, para lo cual hace que surga un árbol con flores gigantes de las cuales se forman varias bijudamas colosales. En ese momento la mitad de Kurama que es de color café y reside en Minato logra comunicarse con su otra mitad que hay dentro de Naruto, tras chocar los puños Naruto y Minato, las dos partes de Kurama logran distribuir a la alianza nuevamente el chakra de Kurama, Obito quien se protege para la explosión alega que mañana será el aniversario de la muerte de Minato y Kushina, pero Naruto ignorándolo responde que también es su cumpleaños, sin más las bijudamas son expulsadas y explotan dentro de la barrera creada por Obito, pero en el último segundo Minato logró teletransportar a la alianza fuera de la barrera gracias a la conexión con el chakra de Kurama, minato al ver el crecimiento de Naruto y recuerda las palabras de Kushina antes de morir, pero Naruto le responde que el ya había sentido el chakra de su madre.